Es el cuarto cuerpo de agua dulce más grande de Guatemala, localizado cerca del sur de la ciudad. El lago consiste en dos cubetas conectadas por un encogimiento estrecho, dónde un andén seco fue construido para permitir que pasara la fía férrea por él, esto separo el lago en dos cuerpo de agua con diferente físico, químico y biológico. La cubeta occidental recibe toda la carga de polución viniendo de la parte sur de la ciudad importante así como del área de la cuenca del río Villa lobos. El agua de la misma cubeta es agotada por el Río de Michatoya que se usa para la generación de poder hidroeléctrico. El lago es directamente afectado por los impactos crecientes del área a través de: el crecimiento de la población, la tala de los árboles a su alrededor, el uso inadecuado de la tierra, el desarrollo industrial en el área de la cuenca, falta de educación sobre el medio ambiente, el control de la no protección del medio ambiente por parte de las empresas y la ausencia de previsión apropiada y programa de dirección.
La cuenca del lago de Amatitlán corresponde a la parte alta de la cuenca del río Maria Linda, tiene una extensión de 382 Km cuadrados y está conformado por 14 municipios de los cuales 7 tienen mayor ingerencia siendo estos: Mixco, sur de la capital, Villa Nueva, Sta. Catarina Pinula, Villa Canales, San Miguel Petapa y Amatitlán. Esta ocupada en el 51% por área industrial y urbana, donde se ubican mas de 900 industrias de diferentes ramas.

La contaminación del lago de Amatitlán tiene como origen principal, los desechos provenientes de los 15 ríos que llegan a su cause, provenientes de todos los municipios que se encuentran dentro de la cuenca del lago.
Las industrias que se encuentran en la cuenca de lago de Amatitlán, tienen un papel muy importante en la contaminación del mismo, ya que aportan muchos residuos químicos. Los industriales no se han dado cuenta que el contaminar también significa una pérdida económica de materia prima que se podría volver a utilizar.

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